发酵室主体材质一般为不锈钢，采用双层结构起到保温作用，整个发酵过程主要在发酵室进行。主轴传动系统主要作用是通过主轴转动搅拌物料，使物料具有较好的疏松透气性。液压动力系统主要为主轴、落料阀门油缸等提供动力。上料提升系统主要作用是将混合好的物料自动提升到发酵室上方，实现自动上料。自动出料系统主要是通过落料阀门、皮带输送机将发酵后的物料输出。

送风系统主要是向发酵室输送高压空气，来调节发酵室内的温度及氧气含量，同时配有辅助加热器，维持生物发酵的最佳条件。除臭系统主要是通过等离子法或生物法对发酵后排出的气体进行收集处理达标后排放，避免对周围环境的二次污染。部分有机肥发酵罐配有自动化控制系统，通过氧气浓度传感器、温度传感器、风量传感器、电辅加热装置，进行实时在线监测，对送氧量和温度进行自动调节，在通风、充氧、搅拌等作用下，确保含氧量和温度一直处于发酵的佳状态，大程度利用生物热，实现生化反应及水分蒸发，有效缩短发酵周期。

塔式有机肥发酵设备。塔式发酵过程是将牛粪便进行脱水或除杂处理后，加入辅料和微生物菌剂经混合搅拌后，用皮带运输机输送至发酵塔顶层，以后每天翻塔一次，经过7d后完成发酵过程。塔式发酵具有热利用充分、发酵速度快、耗能低、除臭快、生产环境好、不受气候影响、占地面积小，自动化程度高等特点。塔式有机肥发酵设备从有机物搅拌接种、进料铺料、翻料到出料全部自动运作，并能连续进料和出料。但发酵塔设备不仅造价贵，而且维护成本也很高，因此已经呈现出逐渐被淘汰的趋势，生产制造的厂家是越来越少了。